La Parroquia  San José de Morona se encuentra ubicada en el Cantón Tiwintza,  localizado al sur-este de la Provincia de Morona Santiago, se extiende entre los valles de los ríos  Cangaime ,Mangosiza y Morona desde la parte baja de las estribaciones del Cutucú hasta la frontera con la República del Perú en la Cordillera del Cóndor.
La parroquia cuenta con una vía de acceso terrestre, la vía Méndez – San José de Morona, que inicia en la “Y” de Patuca y concluye en San José de Morona, es una vía asfaltada de primer orden. Esta arteria que forma parte del quinto eje multimodal de la Interoceánica Manta – Manaos, ya que integra al Ecuador a una propuesta de intercambio comercial, turístico y político con Perú, Brasil y otros países, enlazando el Océano Pacifico con el atlántico.